金門海島學校以「金門漁業文化館」為校舍及主核心區，串聯新湖漁港及周邊景點規劃為體驗校區，並導入各漁村社區、金門在地海洋、漁業元素場域、地方活動及景觀等相關資源，使整座金門島成為學習的教室。

透過「金門海島學校」結合漁業、海洋文化，建置學習中心網絡，並融合藝術創作、文學寫作、自然生態、歷史人文等跨領域學科，與在地職人深度合作，推動具有發揮漁業、海洋文化帶來的長期影響力之環境教育課程、遊程，擴大參與對象並豐富展覽內容，促進社會對海洋、漁業文化之認知及理解，創造出由淺至深的系列體驗學習課程，讓無論是在島嶼上的在地居民或是造訪島嶼的旅客，都能夠深刻感受到金門海洋的多樣性與豐富度。